Насколько я понимаю, изначально там были не мухи, а вовсе даже лемминги. Те самые, про которых придумали, будто они суицидятся, как легендарные свиньи, одержимые бесами. У нас это более популярно в форме "если все в окно прыгнут".

Оттуда и остался намек на то, что и толпа способна на глупость.

А потом туда всунули мух и говно, чтобы стало погрубее и намекая уже не на саму толпу, а на людей, которые типа личности, но повторяют за толпой.