Я так предполагаю, комиссия экзаменационная и проверяла СОВ. И в министерстве обосновались они. Но независимы. Может, только на данный конкретный момент независимы. Вроде как они живут столько-то лет, при замене, например, утверждает министр. Вот и получается, что министр сменился, а экзаменаторы - к нему отношения не имеют. Новые. А старые - дык вообще в седых годах назначены.
А вполне возможно, что и вообще, структура автономная, сама в свои ряды набирает замену.
Ещё интересный и вероятный вариант: такие дела на международном уровне делаются. Т.е. эдакий общий контроль и базис образования. Возможно, с присмотром Международной Конфедерации Магов (ага, там Дамби Председатель:), либо без него, либо в качестве одного из его независимых органов. Ня?