Потому что:
а) страдает микрофлора кишечника;
б) что важней, вредная микрофлора получает резистентность. Вы не сможете до конца на 100% вытравить всю вредную флору из организма, и то, что останется, размножится уже с резистентностью, и в будущем при любых обострениях антибиотики будут работать хуже или не работать вообще;
в) температура — это естественный механизм иммунитета, и постоянно его подавлять крайне неполезно. Вообще, сбивать температуру рекомендуется только если она доходит до 38°+.

Как-то так.

Антибиотики. Анализ крови. Пить или нет.
В ролике больше упор на различия вирусной и бактериальной инфекции, но послушать в любом случае сто́ит.