Опыта такого цитирования у меня нет, но, я думаб, здесь должны применяться общие принципы цитирования. Если приводите цитату в кавычках, сохраняете все особенности написания, если кратко пересказывате суть - по норма современного русского языка.
Чисто логически церковно-славянский должен рассматриваться как обычный ино язык