Всё-таки когда берёшься переписывать канон, надо для начала этот самый канон перечитать.

Значит, тут нам автор намекает, что биологическим отцом Гарри является вовсе не Джеймс Поттер (Лилька родила ребёнка от любовника, записала на законного мужа - бывает). При этом почему-то внешне Гарри похож на Джеймса Поттера (иного нам не сказано!) - магия, не иначе.