Полагаю, всякая классификация - штука субъективная и условная. Даже зоологи и ботаники скрепя сердце свои "естественные системы" постоянно перекраивают, так что говорить о классификациях заведомо измышленных объектов? Но в любом случае в основу непротиворичевой (или умеренно противоречивой классификации) надо класть такие-то неизменные принципы, исходя из которых и выбирать признаки.

Это, так сказать, общие соображения. А вот несколько частных вопросов.
1) попаданчество - жанр или прием?
2) фэнтези - это жанр или всего лишь поджанр в составе фантастики.
3) "Страшная месть" Гоголя, "Бегущая по волнам" Грина и "Мастер и Маргарита" Булгакова - это фэнтези или нет?
К третьему вопросу с интересом присовокупил бы и "Камбрию" Коваленко, и свои фанфики по ней - но это уж вопрос для того, кто в теме. :)