Есть версия что он мог отцепляться от носителя на некоторое время.При этом оставаясь в виде сгустка тумана или дыма (как в сериальчике "Моими глазами").
Сам он находился либо в одном из номеров Котла, либо в некоем условном месте в магловском мире.
Еще есть версия что вторая рожа торчащая из затылка-не постоянная форма подселенца.Возможно в подобном виде Волдеморту было легче ориентироваться и контролировать Квиррелла.

Версии придуманы мной только что.