Ну то, что Гарри считал Рона лучшим другом, не отменяет того, что и Гермиона была для него одним из самых близких людей. Тем более, что такого верного друга, как Гермиона для Гарри, ещё поискать надо.

Так что не вижу ничего странного в том, что и Гарри для Гермионы может быть хорошим другом (разумеется, вне фанфиков, в которых их отношения развиваются в несколько другом ключе).