Зачистка помещений делается при помощи автоматов, если речь о стрелковом вооружении. Применение пистолетов - курьёз на войне.
Всякие альфы и антитероры использовали пистолеты потому что обшивка у самолёта тонкая, пули пистолетные не рикошетят (и не пробивают человека насквозь так легко с короткой дистанции) и потому что пистолет и кое-какие пистолеты-пулеметы - единственное что можно использовать совместно со штурмовым щитом.
Ещё пистолет достать быстрее чем перезаряжать автомат, но это опять же цирк, который не про войну.