Зависит от того, какой инструментарий вы хотите использовать. Самое тривиальное решение – использование готовой утилиты для создания установочных файлов. Smart Install Maker или что-то в этом духе. Программа собирает готовый .exe-файл установщика, в который можно запихнуть что угодно, прикрутить всякие рюшечки типа создания директории, пользовательских соглашений, генерации ярлыков везде, где нужно, директории установки по умолчанию, возможность автозапуска приложения по окончанию установки и т.п. Соответственно, пользователь скачивает установщик, запускает его, проходит обычный для любого ПО процесс установки и на выходе получает установленную программу, запускаемую через ярлык с рабочего стола или из списка установленного ПО.

Несколько более извращённые способы – использование .bat-файлов с исполняемыми "инструкциями" по установке или компиляция собственного установочного файла средствами той среды программирования, в которой вы пишете своё ПО.