Для меня приемлемы конкретные варианты оригинального перевода и в энциклопедии я поставила бы те, что известны публике, ознакомившейся только с каноном. В описании персонажей/мест добавила бы второй вариант перевода.
В конкретной работе по фандому в описании указала бы, что используется неканонный перевод и все. Может, пару сносок сделала бы в самой работе.