На самом деле, всё просто. Трансфигурация - это процесс. Крыса не моментально превращается в человека, а растяженно по времени. И в это время центр тяжести постепенно смещается из-за происходящих изменений и естественных сил. Так что в конце центр тяжести человека не находится на уровне пола.