Полагаю, что слишком большой разброс вариантов будет, а в каноне наверняка нет фактов, чтобы делать какие-либо научные выкладки)
В фанфиках читала мнение, что у магглов рождаются маги из-за того, что их предки были сквибами, невольно передавая последующим поколениям ген магии.