«Приходят уведомления» звучит совсем не так, как «счетчик увеличивается». Про счетчик ничего точно сказать не могу, скрипты давно не менялись, значит это не какая-нибудь техническая ошибка. Скорее всего, кто-то что-то делает, а затем отменяет/удаляет, в зависимости от раздела, в котором увеличивается счетчик.
Кстати, каждому увеличению счетчика в «мои новости» сопутствует письмо на почту, если это не отключено в настройках, почта указана рабочая и письма не улетают в спам.