Происхождение Мерлина, как и жизнь, окутано мифами. Согласно одним источникам, его мать была одной из чистейших и добрейших девушек за историю человечества, и зло никогда не рождалось в её душе. Дьявол искал путей к ней, но не находил. Однажды её сестра, злая женщина и полная ей противоположность, пришла домой пьяной и начала несправедливо бранить и оскорблять сестру. Девушка разгневалась, открыв тем самым свою душу злу, и дьявол овладел ею. Так был зачат Мерлин. Во время беременности она молила Бога, чтобы он помиловал её и ребёнка, а также обращалась за помощью-советом к своему духовнику-священнику Блезу. Блез решил, что следует «окрестить Мерлина сразу по его рождении». Окрестив Мерлина, Блез уничтожил «всё тёмное наследие Мерлина», но у Мерлина остались необычайные «способности мудреца и провидца».

По иной версии той же легенды, мать Мерлина, монахиня Кармелис, однажды последовала на берег реки, и прилегла отдохнуть. Злой дух, давно следивший за ней, воспользовался этим и, подлетев поближе, трижды клюнул Кармелис в ухо. Проснувшись, девушка почуяла недоброе и поспешила к монаху Блезу. Услышав её рассказ, монах упрекнул Кармелис в неосторожности, сказав, что через 9 месяцев она родит ребёнка от Чёрного Духа.

Малыш родился покрытый шерстью, повергнув свою мать в ужас. Слыша, как она проклинает Чёрного Духа, младенец заговорил: «не бойтесь, матушка, я не причиню вам никакого зла». Вскоре к монахине пришел Блез и окрестив дитя, увидел, что шерсть с его тела исчезла.

Согласно другой легенде, Мерлин родился в городе Уэльс в 500-х годах, мать его была обычной девушкой, а отец волшебником. С ранних лет маленький Мерлин старался волхвовать и пророчествовать. Ему повиновались все звери и птицы, а олени и филины часто были спутниками его игр. Мерлин был добрейшим мальчиком — всем помогал, давал советы. Он был полностью доволен жизнью, пока король Вортигерн не позвал его усмирить двух драконов. И тогда все окончательно поняли, что Мерлин — волшебник.

Ещё одна версия легенды, дохристианская, в которой говорится, что Мерлин был внебрачным сыном одного из королей, зачатым от ведьмы, в легенде также упомянуто кровное родство Мерлина и Морганы, являвшейся его младшей сестрой.

В кельтских легендах есть упоминания о Гвендид и Гвендалин, сестре и жене Мерлина.