Информация о том, что Цербер начинал как блэкопс Альянса есть в игре, но она относится скорее к сплетням/конспирологии/делом прошлого. На момент действий игры, а в частности трёшки, Цербер самостоятельная группировка со своими шизоидеями. Учитывая, что Шепа судят за сотрудничество с ними, этого вполне достаточно для понимания отношения верхушки Альянса к Церберу. Просто пока они ничего откровенно ебанутого не творили, то были как неуловимый Джо. Даже сотрудничали иногда. Но стоило любителю сигарет и стульев дотянуть свои клешни до хоть каких-нибудь технологий жнецов и у него снесло крышу.