Во второй части в квестах Миранды и Серого посредника нам прямо говорят, что Призрак финансируется с самых верхов альянса.
Батя Миранды лишь один из, и то только самую чернуху.
Финансируется из верхушки Альянса ≠ финансируется Альянсом. По аналогии: если какие-то экстремисты из полит. аппарата Турции спонсируют исламских фундаменталистов, то это не значит, что Турция придерживается этого политического курса. В игре нам известно конкретно только про одно государство спонсирующее террористов - Батарианская гегемония. Все остальные вполне цивилизованы.