У тебя два взаимоисключающих требования:
- программы для работы со сложными текстами
- чтобы можно было делать карточки и расставлять их в различных местах рабочего поля
Ни одна программа из известных мне не умеет одновременно делать произвольную расстановку по полю документа и поддерживать шрифты и сложную верстку.
Как сделал бы я:
- ушел бы из режима структуры в обычный WYSIWYG
- в Ворде создал бы таблицу и отключил у нее рамки
- в ячейках таблицы писал бы карточки, при необходимости объединяя ячейки
Столбцы нельзя, все поедет.
Если хочешь "потрахаться по-настоящему", делай документ сразу в пакете верстки.
P.S. "LaTeX + кастомизированный Emacs" это, на мой взгляд, с извращениями.