С Пригожиным всё до прозрачности ясно. В том виде, в котором он пребывал, он уже ни для кого реальной опасности представлять не мог. Следовательно, версии всего две.
Первая, почему-то многие забывают, что у него было полно врагов и до всей этой истории. Тем более, учитывая его "замечательный" характер. Пока он был в силе, до него никто не мог добраться, а когда упал с Олимпа, тут-то его и достали, тем паче, что такая замечательная шумовая завеса получается у этого убийства.
Вторая, он владел какой-то информацией, угрожающей серьёзным людям. Учитывая, какими делами он занимался и с какой отраслью взаимодействовал, нетрудно догадаться, откуда именно это люди. Так что - да, вполне вероятно, что именно о подноготной армейских попилов он и имел информацию. И также, можно сделать предположение, что с его смертью эта информация могла наоборот и всплыть.