А если прямо перед уроком сказать о том. что вас эта ситуация не устраивает, и у вас есть занятия сразу после?
Или можно просто громкий таймер настраивать на конец урока. И его звонок оборвет ученика. А уже тогда вежливо сказать что-то типа
"Прошу прощения, у меня следующий урок сразу за вашим. Я специально напоминание поставила на конец нашего урока. Не могу туда опаздывать".
*может он вообще не в курсе, что его поведение напрягает?