Насчёт "должны быть вместе" не знаю, но сцены в книгах, которые можно интерпретировать в пайском ключе, определённо есть. Взять хоть тот же полёт на гиппогрифе (в некоторых традициях это существо считается символом любви), реакцию Гермионы на Гарри со значком префекта (и её явное разочарование, когда выясняется, что префектом стал Рон), реакцию Гарри на ранение Гермионы в Отделе Тайн, ну или "я объявляю вас соединёнными узами до скончания ваших дней" из "Даров Смерти"... примеров много, в общем.

Ну и то, что Гермиона даже в самых сложных ситуациях остаётся на стороне Гарри - даже в случаях, когда ей приходится выбирать между Гарри и Роном - тоже о многом говорит, как мне кажется. Не скажу, в общем, что Гармония - "единственно верный" пейринг (попытки объявить какой-либо пейринг таковым на сайтах, посвящённых фанфикшену, мне в принципе кажутся несколько странными), но и "канонично невозможным" его тоже трудно назвать.