Нет, глагол «up» не используется в английском языке в значении «просыпаться» без дополнительных слов. Для выражения понятия «просыпаться» используются фразовые глаголы «wake up» или «get up».
Ваше предложение должно быть построено так:
- I'm gonna kiss you so bad when you wake up.
Также важно отметить, что в придаточных предложениях времени после «when» не используется будущее время «will». Поэтому корректно говорить «when you wake up», а не «when you will wake up».