а проверяет ли кто-то на практике предельную глубину погружения?
Смотря что понимать под практикой. Все материалы, конструктивные решения (на моделях), узлы и компоненты проверяют на соответствие расчётным значениям переносимых нагрузок на лабораторных стендах. Готовая лодка обычно подтверждает безопасную глубину погружения на ходовых/сдаточных испытаниях. Однако эта глубина существенно меньше предельно допустимой, так как, разумеется, рассчитывается с большим запасом.
В критической ситуации лодка может погрузиться существенно глубже расчётного значения безопасной глубины погружения. Это неоднократно демонстрировали субмарины (в первую очередь, немецкие, так как тем чаще приходилось спасаться от глубинных бомб) времён ВМВ. Например, известный случай U-175 (тип IX), которая при расчётной глубине погружения в 230 метров, уходя от глубинных бомб, нырнула аж на 310, и благополучно после этого всплыла. Самые массовые немецкие "семёрки" (тип VII) в аналогичных ситуациях неоднократно ныряли на 230-250 метров при расчётной глубине в 200.
Рекордный километр с небольшим "Комсомольца" находится внутри расчётного диапазона допустимой глубины погружения, то есть технически лодка явно могла погрузиться ещё глубже. Само собой, в мирное время никто не будет рисковать лодкой и экипажем, проверяя пределы возможного, выходящие за рамки расчётных.