Несколько вариантов:

1. Питер Петтигрю каким-то образом узнал о том, что карта в чьих-то руках и смог замаскировать себя с помощью некоей магии (возможно требующей ингредиентов). Но потом он просто забыл про этот факт, т.к. и без того проблем был полон рот и перестал маскироваться.

2. Питер Петтигрю действительно считал себя крысой, а не человеком. И только бегство Сириуса подвигло его на какие-то действия. Карта не видела его пока он считал себя крысой.

3. Возможно близнецы приняли Петтигрю за призрака или какое-то подобное существо. Вряд ли об анимагии знают все студенты Хогвартса, всё же это редкость. Возможно они даже подкалывали Рона, что за ним увязался какой-то призрак Питер. В общем для близнецов существование призрака было делом банальным, не требующим расследования. И только Гарри, выросший в маггловской среде заинтересовался и стал копать.

Есть и другие варианты, но если подытожить ,что говорят участники треда и прибавить мой вариант, то получается такая картина.