Ростов-на-Дону в то время, конечно, важный таможенный пост, но его развитие зажато рядом вполне себе географических факторов. Без присоединения армянской Нахичевани он бы так и не выбрался из тени Таганрога (даже и к 1863 году последний был на треть крупнее Ростова).
Как вариант -- жд в сторону Азовского моря вести к Мариуполю, где море заведомо глубже, без дноуглубительных работ вполне себе 5-8 метров, а Ростово-Кавказское направление оставить на потом, ближе к ХХ веку.
Но вообще, по-хорошему, двухпутки русской колеи хватит и одной вначале, на выбор, к тыловому Тагану/Марику, а доставку вести каботажем через Азов и вплоть до конной узкоколейки Семёновка - Семь Колодезей - Кой-Асан (Фронтовое) и далее на Симф - Севас.