Давайте посчитаем. В Хогвартсе примерно 140 учеников (не знаток канона, пишу по ощущениям из фильма) они на уроках зельеварения варят зелья два раза в неделю примерно по 1.75 литра за раз (при том, что котел для варки около 3-4 литров судя по фильму опять же). То в месяц мы имеем 2000 литров магических зельеотходов, а в год 16000! Это довольно серьезное количество отходов, которое так просто в канализацию не слить.
Точнее, слить то можно, но если сливать в каналью в подземелья эти зелья, то они там начнут вступать в различные недокументированные реакции, создавая непредсказуемый химический, магический и метафизический коктейль, что-то вроде ядерного реактора без систем безопасности и управляющийся безумцами с суицидными мыслями.