Хм-м... Ели подумать...
Что мешает нейронам во время онтогенеза, то есть развития, построить нейрональные связи только с теми нейронами, которые относятся к их сети, игнорируя те, что не относятся? А вот глиальные клетки (поддерживающая ткань, которая выполныет питательные, защитные и прочие функции), скорее всего, одна и та же.

Хотя могут быть и два типа разных глиальных клеток (в смысле, их и так много типов, но если их разделить на "клетки системы номер один" и "клетки системы номер два"), тоже, но в любом случае они должны взаимодействовать (там места банально не хватит, если иначе - клетки-то расположены на расстояниях меньших, чем диаметр сосудов и капилляров. Ну или два махоньких отдельных мозга надо).

Другое дело, что активность клеток мозга одной сети будет все равно влиять на другую - поддерживающая система та же, значит при мысленной деятельности одной сети будет усиливаться кровоток, так что близлежащие части другой системы тоже будут получать больше энергии и активизироваться. Хотя близлежащие зоны могут отвечать за разные вещи.

Плюс нейромедиаторы и гормоны будут влиять на находящиеся рядом зоны.