может что именно потому что Том был магглом на него подействовало как-то не совсем так, как обычно должно, и в результате получилось не совсем так как Меропа изначально хотела
Строго говоря Меропа могла тупо накосячить, она же необразованная и не очень умная была, а Амортенция сложное зелье, впрочем даже то что это была она это сколько помню только предположение Дамблдора.
Дамблдор опять же предполагает что Меропа видимо перестала Тома поить понадеявшись удержать беременностью, но строго говоря вполне вероятно что у неё банально магические деньги кончились и ингредиентов достать не получилось — вряд ли они дёшевы