А разве чёткая проработка идей и философии персонажа делает его МС? Кажется все авторы показывали мысли, суждения и переживания персонажей, например, в классике: Лермонтов показывал мысли и убеждения Печорина в "Герое нашего времени", Лев Толстой в "Войне и мире" описывал мысли Пьера и Болконского.
Я думаю, что Мэри Сью - это явление в литературе, когда автор не вовлекает персонажа в трудности, персонажу даются с небес золотые горы, а противники персонажа отупляются, будто подыгрывая в конфликтах персонажу.