Идея хороша упоротостью, но в фильме словами через рот сказано, что Смит стал "вирусом", потому что это ЧЕЛОВЕЧЕСКАЯ черта. Ну или животная: выживать и размножаться, во что бы то ни стало.
Во всяком случае не программная.

А Нео оказался антивирусом только потому, что оказался способен решить умереть. Так сказать, сломал код.

======
Спецслужбы же принято наделять анти-человеческими качествами.
Как раз "машиноподобными"

В этом плане Архитектор куда ближе к спецслужбам. Ну и Меровинген.