Asteroid
Если главная ветвь действительно так сильно контролирует побочную, то тут не до прокачки.
Но какие-то варианты должны быть. На самом деле, держать целую ветвь шиноби как рабов для всякой черновой работы и D-миссий - как-то странно.
Так что какой-то рост силы должен допускаться. Так, чтобы в случае чего можно было без потерь подавить восстания, но допускаться должен.
Какие-нибудь квоты на доступ к знаниям и тренировкам. Очки заслуг или турниры для выявления талантливых или полезных.
Создание конкуренции внутри побочной ветви. В том числе чтобы объединяться сложнее было.
Возможно, сильнейшего из побочной ветви раз в 10-20-30 лет выводят в главную ветвь... или так говорят.

В общем, эти размышления основаны на идее, что тупо гнобить побочную ветвь умные шиноби не будут. Они будут умно гнобить, рационально. А это даёт некоторые шансы. Во всяком случае, есть шанс как-то раскачаться, а не умереть генином от старости.

Любопытно.

Но если мы исходим из того, что основа управления чакрой - намерение (что твои размышления про фуин вроде подтверждают), то процесс может быть примерно следующим: шиноби придумывает какой-то эффект или новый способ использования чакры, разбивает на сравнительно простые шаги, привязывает эти шаги к существующим или новым ручным печатям (лучше к существующим, так как он уже как-то что-то натренирован делать этими печатями), тренируется до закрепления рефлексов.
Это заодно объясняет почему можно отказаться от большинства/всех печатей для исполнения техники.