Потому что крестраж не внутри Поттера, а сам Поттер. Крестраж - это сосуд, в котором сидит часть чужой души. Часть чужой души привязана к этому сосуду и покидает его, отлетая в мир иной, если сосуд не может функционировать. Гарри от яда не умер. Не успел умереть.
Авада выбивает душу из тела - она выбила кусок души Волдеморта из крестража (сосуда), а сосуд, то бишь Гарри, остался жив со своей душой.
Нигде не сказано, что крестраж защищён априори от любой магии. Свои крестражи-вещи Волдеморт защищал доп. чарами.