Потому что крестраж не внутри Поттера, а сам Поттер. Крестраж - это сосуд, в котором сидит часть чужой души. Часть чужой души привязана к этому сосуду и покидает его, отлетая в мир иной, если сосуд не может функционировать. Гарри от яда не умер. Не успел умереть.
Авада выбивает душу из тела - она выбила кусок души Волдеморта из крестража (сосуда), а сосуд, то бишь Гарри, остался жив со своей душой.
Нигде не сказано, что крестраж защищён априори от любой магии. Свои крестражи-вещи Волдеморт защищал доп. чарами.

Почему я читаю всё это вместо того, чтобы идти спать

Edelweiss
Все ещё мечтаю о фанфике, где Авадой выбило Гарри, а хрякс остался. При этом тело не функционирует, потому что куска души недостаточно для нормальной жизни, так что Володя решает после победы выставить тело Гарри в атриуме Министерства Магии, обвешав защитными заклинаниями. Для троллинга выживших из сопротивления конечно же.
Фанфик повествовал бы про попытки уничтожить тело, а назывался бы "Труп героя".

А по теме поста.
Потому что волшебник, сделавший хоркрукс (извиняюсь, мне оригинальное название больше нравится), не хочет, чтобы с его душой произошли всякие нехорошие вещи и должен сам наложить защиту на предмет. Сам хоркрукс по умолчанию не имеет такой защиты, просто Володя очень крут в магии. Но про Гарри он тупо не знал, так что единственная защита у Гарри только та, что Дамблдор поставил (или, если точнее, укрепил случайную магию Лили, плюс возможно Дары).

Потому что самопожертвование, а осколок чужой души был на это неспособен, и таким образом, Гарри избавился от крестража внутри собственной души. На самом деле, тут аллюзии к Библии, поэтому так, а не иначе.
Имхую, что крестраж, привязанный к душе, это несколько иное, чем крестраж, заключённый в физический, неодушевленных предмет, поэтому не очень-то ясно, помогло бы физическое устранения Гарри, или нет. Ведь умирает только его тело, а души, предположительно бессмертны. (Собственно, они и в рамках канона так или иначе бессмертны, если брать во внимание слова Дамблдора и Почти Безголового Ника про то дальше, куда души уходят после.)