Это они в фильмах аппарируют направо и налево, а в книгах весьма прозрачно намекается, что аппарацией пользуются далеко не все, даже если получают разрешение, потому что это сложно и страшно получить расщеп (именно поэтому сеть каминов и прочие иные средства). Логика так же подсказывает, что, раз не аппарируют детей, то тут есть ограничения и на тех, у кого со здоровьем не всё ок или просто если человек себя плохо чувствует (попробуй-ка аппарировать в бою, когда успел по башке получить).
Ограничения на расстояния и географию наверняка есть (как минимум, нужно четко знать и представлять, куда тебе надо). Как бы следует помнить, что действие происходит в мелкобритании, но я как-то сомневаюсь, что можно одним махом аппарировать с Москвы во Владивосток. И даже тот же Володька на материк за палкой мотался именно посредствам полета (хотя, по идее, должен был бы мочь кастануть портал, вряд ли у него с этим проблемы).
Ну и да. Барьеры. И прочая защитная магия. То же табу (ограничение на применение определенных видов чар, как было в пещере). А также магия сигнальная о прибытие гостей (чем баловался Слагхорн).

То есть. Тут какая фигня. Дело в том, что противники и там и там - волшебники. Поэтому вундервафли нет. И многие вещи упираются в конкретные знания и навыки конкретного мага (ну, и умение организовываться толпой и организовывать пространство).