ратлинги и огрины являются людьми которые мутировали вследствие воздействия уникальных природных условий некоторых планет. Мутанты это плохо, но на самом деле их количество очень небольшое и они не несут глобальной угрозы и поэтому до них никто особо не докапывается.

А ксеносы это совершенно другой биологический вид! С другим образом жизни и другим мышлением. Империум не потянет такую масштабную перестройку всех своих институтов просто чтобы удовлетворить желания всяких эльдаров. Будут ссоры и непонимания, будут конфликты. В конце концов даже если получится как-то наладить сосуществование, всё это очень сильно подорвёт боевой потенциал Империума.
Так что нафиг - сжечь всех нелюдей проще чем пытаться договариваться.