Я понимаю так, что Добби давно хотел освободиться от власти Малфоев, но не мог. Когда Гарри дал ему свободу, то Добби добровольно выбрал, кому служить – Гарри, который хорошо к нему относился. Думаю, он и понимает это под свободой.