Человеческий фактор. Всё, что придумано людьми, работает через одно место именно из-за этого самого фактора. Мораль также придумана людьми, поэтому имеем, что имеем.

В случае с историями всё зависит от автора и того, что он вкладывает или не вкладывает в своё произведение. Автор тоже человек и может попросту запутаться в своей же логике. А может сделать такой «прикол» специально: либо на подумать, либо на «а заметят читатели или не заметят».

Короче говоря, от случая к случаю. Тема интересная (наверное), но рассматривать все примеры как один я бы не стала.