Это очень гипотетическая ситуация, которая никогда не реализуется)
В случае с настоящими редкофандомами, по крайней мере.
Для потенциально популярных фандомов (типа Марвел, если бы у нас его еще не было) можно выставить более высокие требования к уровню заполненности фандома. Для фандомов типа Годвилля, в котором три фика от одного автора - минимальные. Там затишье уже сто лет, и так в большинстве редкофандомов. Никакой кучи добавлений не будет.

Да почему Оо
Как раз у нас, поскольку все каноны прикрепляются к одному фанфику, нет этой фигни, что книги по ГП отдельно, фильмы по ГП отдельно, Проклятое дитя еще где-то отдельно. Почему это должно возникнуть, если фандомы будут делаться не сразу, а по частям?

Да, запросы придется просматривать и отсеивать. Но это вполне решается, имхо, установлением порога готовности: для потенциально популярных фандомов - высокий (фандом должен быть заполнен на 90-100% перед запуском), для тех, где публикуется полтора человека - минимальный, для остальных - что-то посередине.
Дубли фандомов и сейчас бывают, насколько я знаю. Если же кто-то добавляет персонажей в существующий фандом, туда, куда надо, то я не понимаю, откуда возьмутся дубли, если это адекватный юзер. Если неадекватный - ну, овчарка и сейчас есть.