Дело не только в количественной диспропорции (67% православных против 7% мусульман и ~1% представителей каждой из остальных конфессий по данным ВЦИОМ), но и в связанной с ней неравноценностью аффилиации крупных религиозных институтов с властью. Изрядная доля критики РПЦ достаётся той за официальную поддержку разнообразных государственных инициатив, от военно-политических предприятий до изменения школьных программ. Во многом именно из-за этого РПЦ широко представлена в информационном поле, что и выставляет её в негативном свете для многих людей (в том числе относящих себя к православным христианам).

N.B. Личный фактор персоналий руководства тоже сбрасывать со счетов не стоит, но системные факторы, уверен, играют куда большую роль.

Понятно, что любая институциализация религии рано или поздно приводит её к государственным структурам – или в форме сотрудничества, или в форме гонений. Но РПЦ одновременно и самая многочисленная, и самая медийная, и самая институциализированная религия из всех на территории России. Просто сравните масштаб (что по деньгам, что по людям) структур РПЦ и, к примеру, Духовного управления мусульман РФ. Там разница будет далеко не в десять раз, как по пастве. Вот и выходит, что РПЦ собирает шишки и за государство, и за себя.