1. С изъятием ребёнка всё просто - Конфундусом родителям по башке, и привет. Для транспортировки можно организовать портал, ну или аппарировать вместе, если с порталом не срослось.
2. Если ребёнок активно сопротивляется - пёс с ним, Обливиэйт и пусть сидит в своей деревне. Думаю, как-то так и появлялись сельские колдуны и ведьмы, которые палочек не имели, но чего-то такое могли.
3. Вполне вероятно (и даже наверняка), что раньше система обучения в Хогвартсе была иной. И неграмотными на момент прибытия запросто могли оказаться не только магглокровные, но и полукровки, и чистокровки. Были ведь периоды, когда даже аристократы считали излишним чему-то учить детей, дескать, я крестиком подписывался, и сын мой не помрёт! Так что наличие в Хогвартсе прежних времён уроков грамматики и чтения вполне возможно.