Страна: Япония
Разработчик: Sega
Издатель: Sega
Платформы: Sega Genesis, Mega-Tech, iOS, Android
События происходят через три года после первой игры, преступная организация Zeed из оригинальной игры с тех пор реформировалась и переименовала себя в «Neo Zeed». Они решают отомстить клану ниндзя Оборо и Джо Мусаши, убив его хозяина и похитив невесту Джо, Наоко. Джо, добравшись до клана слишком поздно, умудряется узнать о заговоре Neo Zeed от своего умирающего хозяина. Джо решает путешествовать по миру, чтобы отомстить Neo Zeed, а также попытаться спасти Наоко, пока не стало слишком поздно.
Входит в цикл: Shinobi (1987-2011)