Был основан в начале 1935 г. по распоряжению И.В. Сталина и первоначально носил название ЧД КАС (Четвёртый департамент Комиссии по аномальным событиям). Первым его делом было расследование убийства С.М. Кирова.
Во время Второй Мировой войны Комиссия вошла в состав недавно созданного ГРУ в качестве отдела "П" — "Психотроника" — и занималась нейтрализацией аномальных угроз со стороны СС, Аненербе и Ватикана, а также, в интересах советского правительства, захватом и изучением аномальных артефактов в СССР и за рубежом. Отдел "П" выполнял эту функцию и во время Холодной войны, осложняя для Фонда проведение операций на территориях стран Коминтерна.
После поспешной перестройки и сокращения бюджета в 1991 г. большая часть активов была списана или распродана, что повлекло за собой утечку кадров (множество оперативников Повстанцев Хаоса и МКиД в Восточной Европе раньше состояли в Отделе "П"). В результате чёрные рынки Европы наводнили аномальные предметы, прежде принадлежавшие Отделу. На данный момент Отдел "П" практически не представляет прямой угрозы для Фонда.