Я дак вообще не понимаю, зачем главе фонда числиться сотрудником министерства. Пусть министерство (в лице профильного отдела) войдет в попечительский совет, пусть в уставе напишут, что фонд действует под эгидой министерства. Что еще-то надо? А дальше президентом можно хоть кого нанимать.

Тогда вопрос поставят иначе - зачем бы фонду в качестве главы бывший безработный уголовник?
Это не частный фонд - это министерская структура :-)
А скабиор назначается главой приказом по департаменту :-)