Антонин - имя старое, сейчас больше Антоны. Родители его могли быть из первой эмиграции, а в России отношения магов и церкви могли быть совсем иными, не как в Европе.

Знаете, а я считаю, что маги должны были крестить детей. По крайней мере, в те времена, когда это было общепринято. Раньше ведь не было свидетельства о рождении ребенка - а всем выдавалось свидетельство о крещении. Ну и, если маги жили в основном рядом с магглами (а чисто волшебное поселение в каноне только одно - Хогсмид), то как бы они тогда могли обойти маггловские законы?
Статут - он же о секретности, то есть о том, что маги должны маскироваться среди магглов, а не об изоляции (изоляция в условиях канона и невозможна).

А родители Антонина - даже если они сами были неверующими, сына они могли крестить, причем в русской церкви. Наши эмигранты первой волны - они же вокруг себя просто маленькую Россию создали, и язык русский, и традиции хранили.