Avrora Taliya
Ох, честно говоря, я уже переключилась на другую историю и не ручаюсь за свежесть восприятия. Но давайте попробуем разобраться... Сразу извиняюсь, могу повторяться.

Как именно он путешествовал во времени - это технический момент, оставшийся за кадром. Был ли это маховик, заклинание или что-то подобное - неважно. Важен сам факт. Кольцо и цепочка помогали Малфою сохранять память после всех этих перемещений. Склоняюсь к тому, что на цепочке были нанизаны дорогие ему вещи, помогающие сохранять ориентиры. Разрывая цепочку, Гермиона совершает символический жест - ему не надо больше ничего хранить в памяти, он вернулся туда, куда хотел, добившись желаемого.
Почему 2004 год? Так с этого момента и начались все его перемещения. Гермиона умирает/пропадает в этом году. И с этого момента Малфой начинает свои попытки изменить это. И возвращается туда, откуда всё началось.
Что касается того, куда делся второй Малфой, то я думаю, дело в том что старая версия человека обнуляется - стирается память при появлении вернувшегося двойника. А в данном конкретном случае память Малфоя никуда не делась по причине его артефактов. То есть он вернулся в тело этого ничего не знающего Драко, и его память наложилась на то, что уже было. То есть таким образом он знает всё - что было собственно с ним, и как развивались события до его появления. Другого объяснения этому временному парадоксу у меня нет. Но вообще-то, тут имеет место быть так называемый "парадокс убитого дедушки", который как раз и используется в качестве одного из аргументов о невозможности перемещения во времени. Но мы же говорим о волшебном мире, так что всё возможно))