Хоть нижеизложенное и банально, но, поскольку никто ещё не высказывал этой идеи, попробую я.

Мне кажется, что иногда естественная реакция некоторых читатей на упоминание симуляции - добавить ещё несколько уровней вложенности.

Действительно, всё происходящее вполне похоже на одну из симуляций; в таком случае её начало, скорее всего, соответствует моменту прерывания связи с Землёй и с другими кораблями, а запрет на сохранение дополнительных копий коннектомов призван не допустить дополнительного расхода памяти.

Цели такой симуляции могут быть разнообразными: производится проверка действий капитана в критической ситуации, проводится тестирование системы из трёх ИИ при наличии неисправности; возможно, подбирается конфигурация остального экипажа, наименее подверженная меметическим угрозам.