Сие загадка для меня великая есть. Все вопросы к маме Роулинг, но тем не менее, да, он не был принят семьей матери - канон, грохнул почти всех родственничков - канон, но при этом как-то оказался наследником Слизерина!

Подожду интерпритации автора, отмечу лишь одно, он не член Рода Слизерин, не член рода Гонт, он наследник одного конкретного мага - Салазара Слизерина, с учетом василиска и Тайной комнаты, вполне вероятно, что так оно и есть, но как именно это реализовано никогда не задумывался. Первое что приходит на ум - Обеты основателей, выполнив который от Салазара он и получил право на звание наследника Салазара, не наследника Рода Слизерин, а лично Салазара Слизерина. Второй вариант подобен Старшей палочке Певереллов, для обладания которой надо победить предыдущего владельца, ну а в данном случае надо выполнить какие-либо условия, например если в стенах школы грохнуть однокурсницу свалив вину на другого, найти Тайную комнату и договориться с василиском, что априори подразумевает знание парселтанга, то ты достоин зваться наследником Салазара.

Таких вариантов можно придумать очень много.