Не, я думаю, кавычки тут ни при чем. Смотрите, что получается. Читаем:

"Сам граф также постоянно уносился мыслями в те славные времена, созерцая вокруг себя проплывавшие мимо полуразрушенные памятники бывшей столицы Вселенной. Он вглядывался в лица прохожих, пытаясь уловить в их словах, мимике и жестах хоть какой-нибудь отпечаток, оставленный им великими предками. Порой его искания заканчивались удачей, и он спешил воздать хвалу Господу за сохраненные крупицы древнего "генофонда", однако, в массе своих исследований, он чаще приходил к печальному для себя выводу, что пыль четырех столетий неубираемым слоем легла на город, нашествия чужих народов и суровые эпидемии навсегда изменили облик его жителей, и даже язык их все больше заимствует от речи греков и варваров, все дальше отходя от языка, принесшего славу Вергилию и Горацию".

Понимаете, этот абзац воспринимается (как минимум, мною) как изложение мыслей героя - Адальберта, современника описываемых событий. И, конечно же, появление в них слова "генофонд", хоть без кавычек, хоть в них, звучит диссонансом. Ну в самом деле, зачем рассказчику перекладывать мысли средневекового персонажа на язык современных реалий?

А вот другой анахронизм, казалось бы, куда более безобидный - но я бы тысячу раз подумал, прежде чем решиться его вводить. Итак,
"В то же самое время, когда потенциальный Аустерлиц Адальберта на амурном фронте внезапно превратился в его сокрушительное личное Ватерлоо".

Смотрите, тут, вроде, ничьи мысли, кроме авторских, не присутствуют. Но... У меня сразу же происходит смещение интереса - от описываемых событий к личности этого самого автора: кто он такой, ведающий о Наполеоне? Наш современник-историк, реконструирующий события далекого средневековья? Или вообще "попаданец" (я понимаю, что жанр здесь другой, но...)? А при этом острой необходимости в этом анахронизме сюжет не требует: можно было с тем же успехом взять вместо Наполеона какого-нибудь Ганнибала, а то и вообще обойтись без подобных параллелей. И вообще, чем меньше мы привлекаем внимание читателя к образу рассказчика в текстах не от первого лица, тем, по-моему, лучше. Смотрите на происходящее глазами персонажей, со всеми их знаниями и заблуждениями, даже если повествование идёт не от их лица - и, по-моему, картина будет получаться целостнее. А на крайний случай есть сноски.