На мой взгляд ,Репаро работает таким образом, что все атомы "вспоминают" , где и как они были расположены в предмете, и под воздействием магии занимают свои места. У Кира Булычева есть рассказ "Геркулес и гидра", где машина восстанавливала разрушенные предметы по такому принципу. И, таки-да, на месте утраченных фрагментов образовывались полости и каверны.