Ну и вообще, главное, что там в принципе было кому помочь. Оставаться в таком жутком состоянии одной в каком-то пустом кабинете на всю ночь? Побочные эффекты и так выглядели хреново, а ведь всё могло стать и хуже. Когда так плохо и страшно, это самое естественное желание - добраться до безопасного места, до своей комнаты.
К тому же поначалу-то план был пройти незаметно через тайные ходы, просто не получилось. А там уже Малфой сам решил тащить ее в гостиную Гриффиндора, Гермиона не способна была на какие-то сложные решения. И со стороны Малфоя это тоже понятный поступок. Ему грозил Азкабан в случае, если бы с Гермионой что-то произошло.
В общем, у меня лично выбор из двух рискованных вариантов в пользу второго вопросов не вызвал.